BIOINFORMATICS AND DIGITAL SCIENCE INFORMATION IN THE PHILIPPINE CONTEXT

faculty development okay a professor and at the same time okay he is a UP scientist one and the head of the DNA barhoding laboratory in UP deiliman he obtain his bachelor of science in biology in 1997 and a master of science in biology in genetics in 2001 both UP Diliman and his PhD in genetics in year 2010 at the University of Nottingham. He specialized in evolutionary biology, molecular pylogenic genetics and wildlife forensics. This lab has been working with the biodiversity management bureau of the department of environment and natural resources in developing DNA barcodes for Philippine endemic species as well as handling cases of confiscations of uh illegally uh obtain wildlife.

is also involved in the use of EDNA methods to detect the presence of medically important pathogens as well as introduce species in the environment. He has been active in development of the curricula of various degree programs under the college of science university of the philippines for most of which are BS biology, MSC biology, MSCI microbiology and PhD biology. So hindi ko na patatagalin.

So let us welcome our first guest speaker, Dr Ian Kenrich Pontanilla. Ayan. So magandang umaga po sa inyong lahat.

Ah medyo hindi ako naa-apra na ganito pala karami ang mag-aattend. Ito na yung pinakamalaki kong pinakamalaki kong engagement. So pagpasensyahan niyo kung ako'y mauutal-utal ng paminsan-minsan.

So this is the first time also that I'll be talking to a totally different discipline. I usually talk to fellow biologist and evolutionary biologist. So ah pagbigyan niyo ako kung medyo highuting kung kung medyo ah hindi niyo maintindihan tawagin just call my attention.

Uh I will try to make it as uh simple as possible. Ah pero un nga baka magkaiba yung ating language game. Pero ang pag-uusapan natin ngayon ay bioinformatics and digital science information in the Philippine context.

So ano yung biinformatics tsaka ano yung digital science information? So alam naman ninyo o basic biology. Alam niyo to sa high school ninyo na ang DNA natin ang genetic material ng lahat ng living organism sa buong mundo.

Ginagamit siya bilang instruction. Doon nakalagay 'yung mga instruction natin na ine-express para maging uh mabuhay para mabuhay ang isang organism whether at the level of the cell or a multicellular organism such as our cells. So sa bacteria, yung mga unicellular bacteria 'di ba nak tatandaan ninyo ang pinagkaiba ng eukaryotic cell tsaka procaryotic cell ang mga bacteria procaryotes wala silang nucleus.

So yung kanilang DNA ay nakapaloob lang sa kanilang cytoplasm. Tapos yung uh ah oops sorry. Tapos 'yung mga ah tayo meron tayong eukaryotic cells eukaryotic cells meron tayong mga nucleus at meron pa tayong ibang organels tulad ng mitochondria which is the which are the power house of the cells yung nagpo-produce ng app at yung mga halaman meron din silang chloroplasts.

Dito sa mga organs ito yyung nucleus yung mitochondrion tsaka chloroplast meron ding lamang DNA. At doon nakapaloob yung digital information ng mga cells that define life. Okay.

So ano ba ang ating mga nucleic acids? Alam natin yung DNA pero merong dalawang uri na ng nucleic acids. Ito yung DNA at RNA.

Ang pinagkaiba lang nila ay yung kanilang sugar back bone kasi chain sila. Para silang chain. Ito yung kanilang basic unit.

uh ribos tsaka 2 deoxy ribose. Ang ribose ay sa RNA. Ang 2Doxy ribose ay sa DNA.

Mahalaga itong structure na to. I hope you'll be patient with me as I try to explain this. Ah mahalaga ito kasi ito ay major component ng DNA.

Ah ang bawat DNA at RNA ay g binubuo ng mga magkakasunod-sunod na nucleotides. Ang nucleotide ay binubuo ng sugar backbone na sinabi ko kanina. Ah tapos ito yyung phosphate group na nakadikit dito sa fifth carbon.

So ito yung molecule may carbon 1 diyan 2 3 4 and 5. Dito sa fifth carbon nakadikit yung phosphate group. Mahalaga ito kasi ito ang ginagamit para kumabit itong itong nucleotide na to sa susunod na nucleotide para makabuo ng chain.

Tapos nagbibigay naman ng identity sa nucleotide ay itong nitrogenous base. Okay? Ano yung nitrogenous base?

Siguro narinig niyo na yan. Yyung purine merong two ring na purine na guanine at adenine. Tapos yung pyramidin naman isang ring langung cytine, uraclil atine.

So I hope hindi pa nagdidilim ang mga paningin ninyo ha. So yan. So these are the different uh nitrogenous bases na kumakabit doon sa uh ribose sugar sa sugar back bone.

Tapos nabubuo sila bilang isang chain. So ito yung isang nucleotide na merong nitrogenous base diyan. Ito yyung phosphodiester bond na nabubuo sa pagitan ng mga nucleotides para makubuo ka ng isang sequence.

So 'yan ung ating sequence. Maaaring maikli lang, maaaring mahaba sa atin umaabot ng 3 to 3 billion bases na ganyan kahaba ang ating sequences. Okay?

Napakahaba. At nakapaloob doon sa sequence ng mga nitrogenous bases na yan yung genetic information na naka-define kung ano ang mangyayari sa atin kung tayo ba kulot ang buhok o not. Makakalbo o hindi o prone to diabetes o hindi.

Tatangkad ka ba? Mataas ba ang IQ mo, etc. Okay.

Hindi lang sa tao kundi sa lahat din ng mga ah nilalang o lahat ng living organisms. So ito po yun yung phosphatester bond na nagdudugtong sa dalawang nucleotides. Oops.

Ayan. Tapos kung meron kayong isang chain ng DNA, pwede rin siyang mag-complement with another DNA sa pamamagitan ng pagbuo ng h bond sa pagitan ng dalawang nitrogenous bases sa magkabilang strand. So usually ang thyine ay nagfo-form ng dalawang H bond sa adenine at yung cytosine naman bumubo ng tatlong H bond sa guanine.

At dahil diyan metag complementality. So meron kayong dalawang strands na ganyan. Nagmumukha silang parang ladder.

Okay? Kaya yung ating DNA ay double stranded. Okay?

So ganito ang itsura niya. Ito. Strand at ito yung isang strand tapos nagba-bind sila ng ganyan.

Okay. So yung ating DNA tandaan niyo laging double stranded yan. Ginagawa silang single stranded para sila ay basahin para makabuo ng proteins.

Okay? So dito ngayon papasok ang pinakamahalagang konsepto na dapat nating i-impart sa inyo at ito yung Central Dogma of Molecular Biology. At dito niyo makikita yung flow of information from the DNA to the protein.

So ano itong genetic information na to? So meron tayong DNA. Ayan.

Ang DNA natin ay pwedeng ma-replicate. So kapag nagdi-divide ang ating cells, kailangan yung daughter cells na mapo-produce ay meron ding copy ng DNA mula doun sa mother cell. So nagaganap yan via DNA replication.

'yung DNA ire-replicate niya sa sarili niya para mag-car ng dalawang kopya. Tapos maliban diyan meron tayong tinatawag na transcription. Gamit ang DNA bubuo tayo ng mga RNA like ribosomal RNA, messenger RNA, transfer RNA, micro RNA, samotsaring RNA para malipat o masali para malipat o masalin ang information mula sa DNA patungo sa RNA.

Tapos minsan naman, minsan naman yung RNA ay ginagawang template din para maka-produce ng DNA. Pabaliktad. Ito yung reverse transcription.

Ang mga viruses na ang ilang viruses tulad ng COVID virus tsaka HIV, meron silang RNA na nire-reverse transcribe para maka-produce ng DNA. So nai-infect tayo pag pumasok ang virus 9 sa ating mga immune cells tapos yung kanilang RNA nire-reverse transcribe to DNA para makabuo sila ng panibagong viral particles. Okay?

Ganon. Ngayon ah susunod naman na proseso ay yung proseso ng translation na kung saan ang lahat ng ito ah lalong-lalo na ang messenger RNA ay gagamiting template para makabuo ng proteins tulad ng hormones, structural proteins, muscle fibers, etc. Kung walang information na nanggagaling sa DNA, hindi tayo makakabuo ng ating buhok, ng ating kuko, ng ating mga mata, etcera, etcera.

Okay? So ganun ang flow ng information. mula sa DNA oops mula sa DNA hanggang sa protein so just to illustrate further kung ito yung ating DNA yan merong sequence of nucleotide yan with nitrogenous bases pag tinranslate iyan to RNA tulad ng mRNA meron tayong sequence ng triplet nucleotides yan 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 Ang bawat diyan, ang bawat isang tatlo isang set ng tatlong nucleotides ay tinatawag na codon at bawat codon ay nagco-code ng isang specific amino acid.

Ang amino acid ay ang building block ng ating protein. So kapag bumuo ka ng sequence ng amino acids, makakabuo ka ng polypeptide or proteins. Okay?

So I hope malinaw na ang kaugnayan natin sa DNA tungo sa protein. Okay? Oops.

So yan. Ngayon ang kabuuan ng DNA sa katawan ng isang tao o sa sa cell ng isang organism ay tinatawag nating genome. Okay?

Kaya doun niyo narinig yung genome. Yung genome yung kabuuan ng ating DNA. Tapos yung kabuuan naman ng RNA na napro-produce mula sa din genome ay tinatawag nating transcriptom.

At yung lahat yung kabuuan naman ng proteins na naproproduce natin mula sa transcript ay tinatawag nating prote. Okay? So malinaw so far.

Ngayon ito yung tinatawag nating digital sequence information o genetic information. So tulad ng ating mga algorithms, mga AI natin, mga lahat-lahat, tayo din ay meron ding information na naka-store sa ating cells at pwede siyang i-consider na digital information na kung saan nata-translate sila into a different language. Mula sa DNA nagiging RNA, mula sa RNA nagiging proteins.

Okay. So pagka titingnan natin yung kabuuan mula sa yung genetic resource, pag sinabi nating genetic resource, tayo yan. Yung mga tao, mga hayop, mga halaman, we are all genetic resources kasi meron tayong mga genetic information.

Tapos yung DNA natin, RNA at saka proteins, uh these are all sequence data na pag nakuha ng sequence, pwede nating i-store sa isang digital repository tulad ng Gen Bank na pwede nating balik-balikan at pag-aralan. Ngayon kung tututukan natin mismo yung DNA at RNA, ito naman yung tinatawag nating nucleotide sequence data kasi they are made up of nucleotides. Tapos mula sa proteins, meron kayong mga metabolites.

These are the ones that react to may reaction, chemical reactions, iyung mga enzymatic reactions, etc. tinatawag nating mga metabolites. Okay?

So mahalaga ang mga information na nandito kasi yung DNA sequences pwede nating i-annotate yan kung anong gene siya ah ano ang tina-translate niya etc. Yung RNA sequences naman, malalaman natin yan para masukat kung nae-express nga yung gene at a particular time. So kapag may na-produce na na RNA, ibig sabihin naghahanda sila for gene expression.

Okay? Na-express yung gene. Tapos yung protein sequences naman, pag nalaman natin yung sequence ng amino acid, mahuhulaan din natin kung ano magiging estruktura ng protein.

So kapag ano struktur ng protein, alam natin kung saan yung binding site niya, paano magwo-work siya as an enzyme, as a carrier protein, etc. So yung mga information na ong malalaman natin kapag alam natin yung digital information. Tapos you also have small molecule ID for small molecule structures, interactions, etc.

Yan. So ito yung genetic resource natin. Ito yung mga living organisms.

Nakapaloob sa kanila ang genetic information. Pwede nating kunan ng observational data. Yung phenotype data.

Ano ba 'yung itsura niya para ma-describe taxonomical data? Ano 'yung classification nila? Alam naman natin 'no na tayo bilang mga tao, huwag nating ihiwalay ang sarili natin sa mga hayop dahil tayong lahat ay mga hayop kayong lahat.

'Di ba? Mga hayop tayong lahat. So we belong to class mamalia, order primata.

Kasama natin yung mga unggoy, mga tsongo, mga apes and monkeys doon sa order na yon. Okay. So dapat alam din natin yung classification natin kung anong pagkakahalintulad natin sa kanila at kung paano naman tayo namumukod tangi o naiiba.

Okay? Tandaan niyo ha. Mahalaga na dapat alam natin kung paano natin i-classify ang sarili natin.

Huwag nating isipin na tayo ay namumukod tangi at hihiwalay sa iba pang ah ah iba pang mga nilalang. Yung ecological data. Ano sabi ng ecological data in the context of the environment?

Ano yung mga pangangailangan natin para tayong mabuhay? Ano ang pangangailangan ng mga iba pang nilalang para mabuhay? Ano ang interaction natin sa isa't isa?

Para maging stable ang ating ecological community. And then yung behavioral data, paano ba tayo nagbe-behave sa isa't isa? Not just humans, pati yung mga halaman, mga iba pang organisms.

Okay? Now, mula dito pag mula dito sa ano, makukuha natin iba't ibang o samotsaring information. Yung metagenome ah ito yyung genomics o genomes na makukuha sa buong environment.

Kung kumuha kayo ng tubig, makakakuha kayo ng iba't ibang organisms. Mula sa microscopic organisms to benhic organisms, etc. Pag kinuha mo yung kabuang data nila, yun ang tinatawag ng metagenome.

Hindi lang isang hindi lang genome ng isang organism kundi iyung organisms na makikita sa isang lugar. Then you have the other Omix data. small molecules, interact metabolome, interactome, prote, transcriptations for genome structure function, variance, assemblies, etc.

So dito papasok yung mga bioinformaticians. Now, I hope some of you will consider a career in bioinformatics because we are now generating a huge huge volume of data at wala pa masyadong nakakapag-aral. Merong mga nagsisimula na mag-aral kunyari sa UP Philippine Genome Center.

Meron silang Bioinformatic Score Facility pero kakaunti lang sila. So kailangan namin ng mga tao na mag-aaral ng mga data na to at may alam sa programming para mas mapabilis ang pagpapaaral sa kanila. Okay.

Tapos ah meron pa silang ibang modalities kapag nakuha natin yung kanilang mga information kunyari industrial biotechnology makukuha na makakagawa ng mga bagong gamot, mga bagong products if we know the structure and function of these iyung pharmaceutical and synthetic biology. Precision medicine. What do you mean by precision medicine?

Yung medicine na tutugon sa particular disease or kondisyon ng bawat pasyente. Kasi lahat tayo ay naiiba sa isa't isa. Kung anong gamot na tumatalab sao maaaring hindi naman tumatalab doon sa iba.

So kapag alam mo yung genetic profile ng isang tao, makaka-design ka ng cocktail of drugs for precision medicine. Okay? Then you have environmental research, conservation research.

You need to protect these organisms but you have to put it in the context of their genetic data. And then in this industrial biotechn ulit yan. Now, saan nakapaloob o natatago o naitatabi ang genetic information?

Now, Nucle Sequest database collaboration. There is a collaboration throughout the world. Sana hindi ma-disrupt ng gera sa Middle East.

Meron tayong core infrastructure for storing data. We have 228 million annotated sequences. That's roughly 1.

5 billion reads. Isang sequence read yon. Used by more than 10 to 15 million unique users each year.

Bawat isa sa kanila ay mga tao na nag-aaral o ginagamit yung mga sequence for whatever purpose. At sana kayo din ay mabibilang din dito sa gagamit ng sequences. and the data are linked to 1,200 uh databases.

Okay. Ngayon bigyan ko kayo ng mga ah halimbawa kung saan ginagamit yung genetic information. Sisimulan ko na doon sa ginagawa namin sa aming lab.

kami ay gumagawa ng DNA barcodes, okay? O nagtutuklas ng DNA barcodes. Para saan ang DNA barcodes?

Ang DNA barcodes ay sequences na pwede mong gamitin para ma-identify ang isang species, an unknown sample to its species. Kunyari kayo sigurado ba kayo mga tao kayo? Mga Homo sapiens kayo?

So pwede nating malay natin baka ibang species na pala kayo. Pwede nating i-confirm by getting a DNA sequence o a sample from you. Um, mucos cells, blood, extract natin ng DNA tapos i-compare natin yung sequence ng isang gene kunyari CO1 at kung ilang percentage similar kayo doon sa gen na yon.

Kunyari nakalagay sa database, ito yung mga sequences available for CO1 for Homo sapiens. I-compare natin yung sequence ninyo. Kung kayo ay 99.

9% identical or 100% identical, malamang tao kayo. Kung 99% pwede pa ring tao. 98% pwede pa ring tao.

Kasi ina-accept natin nagkakaroon ng mutations through time. Pwede tayong magkaiba ng kaunti ang sequence. Pero meron tayong ina-accept na threshold.

Kunwari sa COI kapag masaba sa 97% ang difference maaaring magkaibang species na kayo. Okay? Now using that as a using that thought experiment as an example pwede nating gamitin yan sa iba pang organisms.

Kunyari merong nagsabi na mga Muslim o ito itong pinapakain niyo sa amin. Sigurado bang halal yan? Sigurado bang walang pork 'yan?

Kasi ano na ground meat na 'yan eh. Pwede niyong extract ng DNA para malaman kung may pig samples ba yan o wala. O kaya kapag kayo ay kumakain ng fish ball, sigurado ba kayo isda yang kinakain ninyo?

Tusok-tusok pa kain lang kayo. Yung kwek-kwek na kinakain niyo, sigurado bang itlog ng pugo yan? Baka itlog na yan ng pagong o itlog ng ipis, etc.

Hindi naman siguro ipis, itlog ng ah butiki, 'di ba? So pwede nating ma-identify 'yan. Ngayon yung DR sila ang may layunin na ipagtanggol o i-protect ang ating endangered species.

Pero merong iba na pino-poach sila at pino-process sila. Kunyari paano malalaman na itong karne ay karne ng baka at hindi karne ng for example ng tamaraw which is endangered? Paano malalaman na itong karne ay karne ng manok at hindi karne ng ah ng pawikan which is also protected?

So kasi pag pinagtataga-taga na sila, kailangan yung extract na ng DNA, compare yung sequence of that gene with the database para malaman ang pagkakakilanlan ng mga unknown samples na ito. So itong ginagawa namin sa aming lab para magamit namin iyung DNA barcoding, kailangan kaming mangalap ng mga DNA sequences ng mga Philippine endemic species para i-populate iyung database. So ito na yung ginagawa namin.

Yan. Kumuha kami ng biological samples, ine-extract namin DNA tapos sine-sequence, kinukuha namin iba pang mga data. Yung collection data, photographs tsaka other data.

at nilalagay namin yan sa isang database like Jen Bank or Bold para pwedeng makuha yan ng public from anywhere in the world if you have internet access. Okay. Isa pang halimbawa ay yung paggawa ng kapag alam niyo yung genetic information, maaari kayong maka-develop ng testing kits.

Tulad halimbawa ng ginawa ng Manila Health nung pandemic, nakagawa sila ng RTPCR detection kit for COVID. So pwede ring gawin yan for HIV. Paano niyo malalaman kung meron kayong HIV infection at kayo nagma-manifest ng ah ng clinical symptoms, pwede kayong gumamit ng ah molecular test.

Paano malaman kung kayo may dengue in the past? Na infect kayo ng denge. Pwede ring gumamit ng ganito.

Okay? Oo rin. Tayo ay gumagawa ng genetically modified organisms.

Pag alam natin yung function ng isang gene, pwede nating putulin yung gene na iyon at ilipat sa ibang organism para magkaroon din ng function yung gene na yung organism na yon. Halimbawa itong oops itong BT corn at saka BT egg plant ininsert stan sila ng pesticide produce its own pesticide. Nakak meron pag nilagyan mo ng gene pwede silang gumawa sa sarili nilang pestisidyo na nakapupuksa sa mga insekto tulad ng mga ah moth, butterflies etcera yung kanilang pest.

Pero ligtas naman sa mga tao. Okay. So ang nangyari to hindi sila inaatak o pinupugaran ng mga peste.

Okay. So yun ah meron na tayong ganito sa Pilipinas yung BT egg plant at BT corn. They are considered genetically modified.

Hindi ko alam kung nasubukan nilang magluto ng talong sa bahay pero madalas pag hiniwan niyo 'yung talong meron kayong nakikitang mga uod na nakatira doon. Kasi pinupugaran siya tatanggalin niyo lang. Okay?

O pwede niyo namang iluto sama niyo sa torta kasi protein din naman sila pero hindi sila wala naman silang lasa. So parang ano pay it from my own experience. Nakakain na kami ng ano by accident.

Pero ayun kung gusto niyo na malinis ang inyong pagkain, ang inyong mais o ang inyong egg flat na walang peste, ito mas mabuti na kumuha kayo ng ganito. Okay? So ito ay ginawang experiments at na-develop ng mga scientist doon sa UPS banios.

Tapos ito naman yung synthetic biology based on protein structure of conotoxin toxin. Ito madalas tayong makakita ng ganito sa dalampasigan o sa ilalim ng dagat. Kapag nakakita kayo ng conus shell na ganito, conus geographicus, iwasan ninyo ha.

Huwag niyong paglaruan. Kasi kapag ito ay nahawakan at kayo sinundot ng kanyang tang, meron siyang toxin. Yung toxin na to ginagamit nila para manghuli ng prey like mga isda o maliliit na mga bulate.

Pero pagka natamaan kayo pwede k pwede niyo r ikamatay. Okay? Kasi very potent ang kanyang toxin pero may mga ilang scientist mula sa Marine Science Institute sa UPDAN at at scientist sa University of Utah na ginamit inaral ang toxin na to at nakagawa sila ng isang painkiller that is more effective than morphin.

Okay. So dahil ito ay nakaka-immobilize eh nakaka-immobilize sila, in-utilize sila 'yung information na yon para makagawa ng synthetic protein na pwedeng gamitin na painkiller. Okay?

So nakita niyo just by looking at the genetic information, naka-deriive sila ng synthetic protein. Okay? So dito na ngayon papasok medyo sociocultural na to yung papasukan natin yung access and benefit sharing o tinatawag nating ABS.

Ano ibig sabihin nito? Ang mga bansa or countries have a current right have a sovereign right to regulate access to their genetic resources by requiring users to obtain prior informed consent. Kailangan magpaalam bago niyo pag-aralan ang aming likas na yaman.

Tandaan niyo ha, kailangan magpaalam bago pag-aralan ang ating likas na yaman. Whether ikaw ay Pilipino o dayuhan, kailangan tayong magpaalam. uh and accept mutually agreed terms that ensure benefit sharing.

What is benefit sharing? That a portion of the advantages of benefits derived from their use are shared with the providing country or in particular the community where the product is derived. In other words, kinuha niya yung aming aming ah genetic resource.

Abay dapat makinabang din kami sa profit. Hindi ba tama naman yun? Imagine mo kukuha sila ng mga mga fung sa atin.

Nakaka-develop sila ng antibiotics t's ibabalik sa atin. Bebentahan tayo ng pagkamahal-mahal. Sabi ko, "Eh amin sa amin ang galing yan eh.

" Okay. So ibig sabihin ng access benefit sharing. Okay.

Ngayon sa Pilipinas, ano ba yung konteksto natin dito sa Pilipinas? Collection of samples. Tandaan niyo to ha para sa kabatiran ng lahat kasi hindi ah maaaring kami lang nakakaalam kasi kami naman ang nagfi-field.

Pero kayo dahil kayo gagamit din ng genetic information bago niyo gamitin yon kailangang tanungin. Ito ba ay dumaan sa tamang proseso bago namin ah pag-aaralan? Ayan.

Collection of samples for genetic resource are guided primary primary by Republic Act 9147 RA9147 anoung RA9147 or the wildlife resources conservation and protection act okay it aims to conserve and protect wildlife species to regulate the collection and trade uh to uh pursue Philippine compitment to international convention so ibig sabihin magkakaroon tayo ng international treaty na isa na itataguyid natin ang proteksyon din ng mga ah yung stipulation ng international trade na hindi dapat natin um ine-exploit yung populations ng mga mga organisms na to to the point na hindi na sila makaka-recover and initiate or support scientific studies. So dito kami pumapas dito kami pumapasok. Okay.

Now, you must also have a memorandum of agreement or MOA or affidit of undertaking AOU needed between university proponents and DNR, DABF or Palawan Council for Sustainable Development. depende kung anong nilalang ang iyong pag-aaralan. Meron kayong uh specific uh government office na kailangan lapitan para mag-apply ng permit at gumawa ng MOA or Affidavit of undertaking.

So paano pinaghahati-hati ang genetic resource natin sa Pilipinas? Kapag ang gagamitin niyo ay lahat ng terrestrial faa, lahat ng mga hayop na nasa lupa, lahat ng terrestrial flora, mga halaman na nasa lupa, marine turtles at iyung mga dugong, perview iyan ng Department of Environment and Natural Resources. So doon kayo magpapaalam kapagka aquatic and marine wildlife yan maliban sa marine turtles at dugong department of environment department of agriculture bureau of fisheries and aquatic resources naman kapag lahat kapag lahat ng ito ay nanggaling sa Palawan, separate entity ang Palawan.

Doon ka magpapaalam sa Palawan Council for Sustainable Development. So may special provision tayo sa Palawan because Palawan is our biodiversity frontier. Okay?

Very distinct, very unique ang kanilang flora and fauna k may special provision tayo sa buong probinsya na iyon. Okay. Ano pa?

Kailangan may prior inform consent from the local government units and gratuitous permit. So maliban pa sa government agencies, national government agencies, magpapaalam din kayo doun sa local government unit. Oy, mangongolekta po kami ng mga medicinal plants.

So, pwede po ba kaming pwede niyo ba kaming payagan? Ayan, if samples are from areas where there are indigenous peoples or IPS, then you must follow prescription of the National Commission of Indigenous Peoples. Kailangan din kayong magpaalam sa NCIP at sa mga local elders or local leaders.

Hindi kayo basta-basta papasok lang sa mga sa mga communities ng Mangyan o sa doun sa kortilera at bigla na kayo mangongolekta. Kahit na meron na kayong permit sa DNR, kailangan din kayong magpaalam sa indigenous peoples. Okay?

Ano yung mga issues natin ngayon sa Pilipinas tungkol sa genetic information? Okay? Meron tayong limited na capital and support for local biotechnology industry.

So sa ngayon marami sa ating mga uh biotechnology industry products ay inaangkat natin sa ibang bansa. Wala tayong wide scale, a large scale na production facilities dito kasi medyo mahal pa ang investment. Pero nagsisimula na, meron tayong Virology Institute of the Philippines na layong gumawa ng vaccines.

Alam niyo ba nung 1930s and earlier ang Pilipinas ay gumagawa ng sariling vaccines pero natigil yan ng World War I at hindi na tayo bumalik pa. So ngayon sa kasalukuyan yung vaccines natin binibili natin sa labas. Pero dahil meron tayong Virology Institute of the Philippines, sana uh in the near future makagawa ulit tayo ng vaccines.

Natatandaan niyo yung ating karanasan sa COVID, naghintaypay tayo ng ilang ng isang mahigit isang taon bago dumating yung mga vaccines. So kailangan tayong mag-quarantine sa loob ng ating mga bahay hanggang sa tayo ay pinayagang lumabas kapag tayo ay naturukan na. Okay.

Pangalawa, prohibitive cause of reagent supplies and equipment para mag-aral ng DNA, RNA proteins. Ah, kailangan nating iangkat ang mga equipment. Kunyari yung mga PCR machines, alam niyo naman ' ba nalig yung PCR machines na ginagamit para mag-detect ng COVID, kailangan nating i-import 'yun.

Hindi pa natin kayang gumawa. Ang isang unit umaabot ng 300,000 to 400,000 minsan aabot ng is milyon. Hindi pa natin kayang mayon tayong kakayahan na gumawa non pero industrially we don't have a large scale uh industrial complex that will be able to create such equipment.

We have limited manpower sainformaticians. Kaya ako naririto para para bang dumulong sa dumulog sa inyo at makiusap at i-consider sana ang bioinformatics bilang isang viable career. Kasi kapag kayo ay naging biinformatician, you will become rich beyond your wildest dreams in terms of knowledge.

Okay? Hindi sa kayamanan. Wala nakitang bformatician na mayamangmaman.

But who knows baka manggaling sa inyo ang mayaman o milyonaryongatician. There's also a long gestation period for return of investment. Subukan niyong gumawa ng antibiotic or antiancer drug.

It will take more than a decade sometimes to develop it. Napakatagal. Kaya ang pwede lang gumawa nito ay mga multinational drug companies.

Okay. Halimbawa ah during the first 1 and 1/2 years magtut kayo ng magse-survey kayo test validation o target validation. Kunyari ano ba yung mga examples dito na may anti-inflammatory effect na mga halaman?

So you will be able to for example get 10,000 candidates uh from uh drugs or molecules derive from these uh organisms. That's 1. 5 years.

Lead optimization another 1. 5 years. Precinical test another 1 year phase 1, phase 2, phase 3 and then approval to launch.

It will take several years minsan a decade by which time na nanarrow down. So from 10,250 10 to 20 candidates, four candidates, two candidates na lang until eventually hope for just one. Ganon ka masalimuot ang proseso.

Pero pwede siyang mapabilis if you know the genetic information. uh you can already elucinate the structure of the proteins and therefore their function as well. So mananarrow down yung choices ninyo o yung inyong target.

Okay. Now, many of our endemic species which are genetic resources are which are potential source of the digital sequence information are threatened. Endangered sila or critically endangered.

Sa madaling salita, hindi sila basta-basang pwedeng paghugutan ng genetic information. Ang Pilipinas ay isa sa mga biodiversity hotspots. The Philippines one of the 70 mega diverse countries in the world.

We have 52,177 described species based on 2002 data. So mas so ano na yun mga 14 years sorry 24 years have passed. So nung 2002 hindi pa yata buhay yung iba sa inyo dito.

So by which time dadagdagan pa yung bilang ng mga described. So para tayong Galapagos islands multiplied 10fold. Iyung Galapagos Islands being the islands uh that Darwin studied para maka-illucidate siya ng theory of evolution by natural selection.

Okay. So tayo ay biodiversity hotspots. These are ret small airs with a great concentration of endemic species.

Mataas ang bilang ng endemic species. Pag sinabing endemic space found only in one area and nowhere else. Ano bang halimbawa ng Philippine endemic species dito sa atin?

Philippine Eagle ah Tamarao, iyung rafricia med, raflia ganon. So these are examples of endemic species and they are oops and they are endangered or threatened. In fact, at least 700 are known to be threatened.

Pag sinabing threatened dahil yan sa activities ng mga tao. Nasisira natin ang kanilang habitat leading them to extinction. Okay.

So ito na yung halimbawa na mga endemic sa atin. Now aside from that, there is no comprehensive database of Philippine DSI. Okay.

Lahat ng mga data natin ay pats-patse di-distribute sa iba't ibang global database. Wala tayong comprehensive database na nag uugnay sa kanyang lahat para mabigyan tayo ng kabuuang picture ng extent ng ating biodiversity. Tapos some DSI are embargoed or with restricted access due to patent application.

So kapagka meron siang kin genetic information hindi agad-agad isisiwalat sa publiko kasi kailangan nilang i-develop to. Kailangan nilang pagkakitaan so hindi niyo sila maa-access. At sa kasamaang palad karamihan sa mga genetic information nakaembargo ay yung mga kinuha ng mga banyaga o dayuhang kumpanya mula sa atin.

So sa atin ang galing pero hindi tayo nakinabang. And finally, countries with no restrictions on use and benefit sharing of DSI have an unfair advantage. Sa kanila hindi iligal sa batas na kumuha ng mga resource sa iba't ibang bansa at pagkakitaan nila.

Halimbawa nito ayon Germany at hindi nakapagtataka ang USA. Okay. So ayun lang naman yung aking konteksto dun sa issue sa ating genetic sequence genetic information.

Sana po ay meron iba sa inyo na mahikayat na pasukin ito bilang isang viable na career o larangan. So ayun lang. Maraming salamat.

Kung meron kayong katanungan ah huwag kayong mag-atubili magtanong sa amin. Sige maraming maraming salamat. Okay lang.

Merong tanong. Sige sige. Ha?

O sige po. Merong tanong. Kung may magtanong daw may plus points.

Joke. Sinong gustong magtanong? >> Okay.

Ah student, pwede po kayong magtanong kay sir regarding po sa kanyang um presentation today. Kung meron po kayong na-curious or meron kayong hindi naintindihan, pwede po kayong mag-ask. No, also our ang diniscuss niya po is also discussion po natin sa science technology and society especially mga first year student po.

Pwede po kayong mag-ask? O simulan ko na lang yung tanong. Um, magkano ba ang sahod ng isang ba informatician?

Ayan. Gagamit ko ng basihan ay nandon sa ano sa Philippine Genome Center tsaka sa UP 'yung mga researchers namin. Ang mga nagsisimulang researchers based on DOOST rates ay ah mga 50,000 plus a month ang kanilang sahod.

Maaari pang umabot siya ng mahigit ng 100,000 depende sa rank per month. Baka hindi kayo makakabili kaagad ng kotse o makaka-invest ng isang bahay o lupa pero at least naman kayo magugutom. May tanong pa?

Any questions from the engineering students or baka may questions tayo from the College of Teacher Education Science Majors? Oh eh ako magtatanong mamaya may quiz tayo hindi joke lang. Wala ng questions.

Engineering students, EDOC students, any questions from? Meron ba tayong question sa online team? Wala.

Ah may tanong daw po dito. >> Hello po. Magandang >> Good morning po ma'am.

Ay sir tanong ko lang po impossible po bang 'yung mga instinct animal is bumalik sila based po sa genetic modification? Ah magandang question no kasi ah it's it's not as simple as that kasi kailangan tingnan yung konteksto nung species na iun na naging extinct doun sa kanyang environment. made-defined kasi ang tanong diyan eh how do you define a species?

Is it just by its DNA or kasama din ba yung interaction ng gene expression niya sa konteksto ng environment? So kung tatanungin natin kungesurrect ba natin yung species ng extin species na buongbuo ang tamang sagot diyan ay hindi. Maingurrect yan pero medyo may pagkakaiba kasi baka hindi natin mailate yung environment na kung saan nabuhay siya.

Ayun lang o po. Sige. Thank you so much.

Baka may question tayo from the first years. First year question. First year engineering.

Lalo na yung may mga STS. O patay tayo diyan. Chapter 9.

Ah ako talagang magtatanong sa inyo. Question. We have a question from our first year.

first year no? Ah >> hello >> ah good good morning sir. lang ask ko ask ko lang po na kung ask ko lang po about sa ano sa sa bio sa gen information dito sa Pilipinas po ah kung sa future po ba ay ay may possible po ba na yung na isa din isa din po yung Pilipinas po sa mga maging ano po maging ah yung leader sa biotechnology ganon or sa Oo may may ch may chance po ba pag may mga taong willing kas kasi yun lang po >> may chance na ano >> na na magkaroon po ng saril >> sariling >> magkaroon ng sariling ano po bio >> biotechnology industry >> dito sa Pilipinas at Kung kung mafo-fores niyo yung f future ano ano at paano niyo po made-describe niyo po yun this?

>> Ah okay. Magandang tanong yan. Pang Miss Universe question.

Ah actually hindi natin ma kailangan meron tayong innovation na nanggagaling sa mga tao mismo sa ating mga scientist tsaka industry players dahil innovation is important para umusad ang industry. So uh meron tayong need. Uh yung need natin pwedeng ma-address kapag meron tayong innovation.

So ah pero para mangyari yun, kailangan mag-invest din ang ating government. So sana ah sa with the current government or sa susunod na gobyerno kung sino man ang ating maging presidente, parang isa lang o dalawa lang options natin sa 2028. Uh sana po ay uh kanilang iano ipasok 'yung uh pag-invest sa science and technology.

Ah dapat ah sa ibang bansa kasi umaano sila eh mga napakalaki mga 5 to 10% of their GTP ini-invest sa science and technology. Napakaliit lang sa atin mga less than 1%. So sana po ay ma-address po yun.

Sige. Right. Thank you so much po.

I think we also have a question from our science majors. >> Um, good morning sir. So ask ko lang po, meron na po ba dito sa Philippines na gumagawa nung kapag nag-instinct na yung isang species is mababalik ulit?

Ayun. Ah yun na natanong din kanina na baka ah mahirap i-resurrect ang isang extinct species dahil unang-una kailangan ma-ensure natin na makakuha tayo ng intact na genome. So kailangan nating i-sequence yun.

Ilagay natin yun. Tapos ah depende kung paano na-organize iyung genome kung aling chromosomes. Tapos ah we have to put also into context kung ano iyung environment nung extinct species na iyon.

Kasi luto ng sinasabi ko you don't define a spee by justice genome. It has to be in the context of his environment as well. Ayon.

Thank you. Ako din po ay Dr Ian po. Malaki po ang benefits po nito sa atin both cultures, society pero napansin ko parang yung benefits niya hindi ma hindi matutumbasan ng pera.

Pero ang problema kasi po we are growing in a world where money drives the world and >> money is hard to earn. >> Money drives the world. Ah, >> money drives the world.

Yes. >> Even the scientific field requires money and it's very hard to convince the government to support us in that field. Oo.

>> Pero napansin ko parang isa lang 'yung batas po ba naag nagbibigay proteksyon sa gann sa atin parang kulang tayo sa loss kung gann. Sa tingin mo ano po ung mga loss na kailangan pang i-ano? Hindi ako law maker ha.

Policy makers. Meron po tayong ah ah policy. Pero sir, nakikita niyo kasi yung needs yung needs na kailangan bigyan ng mga loss ganon.

Anong suggestion niyo po? >> Ah meron tayong policy, National Science Policy Body. Ito yyung National Academy of Science and Technology.

Hindi naman sila nagkukulang sa pagsulong ng mga pulisya na binibigay sa sa pamalan ah especially in science and technology. Pero syempre kailangan din makinig yung gobyerno at mag-prioritize. Sila ang iung NAS, National Academy ang magsasabi ito yung kailangan natin, ito kailangang gawin itong blah blah blah.

Sabihin ng gobyerne, gobyerno, "Ay wala paang pera diyan. Dito muna. Dito muna.

" Sila nag-aallocate ng funds. So actually hindi ko naman na hindi ko naman pwedeng sabihin na ang Pilipinas ay isang mahirap na bansa. Okay?

Kasi marami naman din kasing mayayaman dito sa bansa natin. Ang problema lang natin is the unequal distribution of wealth. At ah habang tayo ay nasa isang tatsulok, kakanta na ako tatsulok ah at yung wealth and power is only derived or only revolves around the very few at the top at hindi nagti-trickle down.

Hindi rin uusad ang ating science and technology and consequently hindi rin tayo makaka-benefit dito sa baba. There has to be a major paradigm shift sa pag-iisip lalo na mga nandoon sa itaas at pwede rin namang magbago ang kanilang isip kung merong pressure nanggagaling sa ilalim. So tayo ewan ko kung kayo nasa ilalim o baka kabilang kayo sa nasa itaas sana pagtulungan natin na magkaroon ng major paradigm shift.

Ayun lang po. Ah yes po. Sige.

Ayan. So may question po for last question for science major po since um we are teaching um also biology special genetics so um in um in lens with bioinformatics um how do you assess um the future generations or present generations um kamalayan no about um this concept and what are what do you suggest for science teachers to um um integrate it on the curriculum in the present times or in the future times? Yun lang po.

>> Okay. Ah meron ng nilabas na bagong educational commission report or edcom 2. I don't know kung aware kayo sa results at hindi maganda ang sinasabi o pinipint ng report nito sa current educational system ng Pilipinas at kabilang dito yyung science education.

Ah ang sinasabi ng report hindi maganda ang ah ang trans ang ano ang pag tawag nito ah hindi maganda ang pag-implement ng education program sa ating bansa. Meron din ibang-ibang reports na nagsasabi na iyung generation ngayon kung kayo ay 20, 21, 18 years old ngayon iung inyong intellectual capacity ay mas mababa kung ikukumpara sa mga magulang ninyo o yung mga naunang generation at that age. So ibig sabihin non, what happened?

Ano ang nangyari? So talagang there's a major uh crisis, educational crisis sa atin at kailangan nating tugunan yan ngayon. Ah kailangang i-review ang curriculum, kailangang i-integrate ang science and technology across the board.

Maganda ang sa pakiwari ko maganda ang kanilang ah ginawa na tanggalin na ang strands. Lahat ng mga crucial or important concepts for strands sa sa arts, sa business, etc. Ay na-incorporate na sa K212.

At ah siguro ah kailangan ding ah ano pa to ah i-review yung policy na yung no one left behind. Kasi kung ah lahat naman ay iaangat ninyo kahit na hindi pa ah hindi pa qualified na umakyat sa susunod na level ay ah they will bring down everyone else. Sila ang maghahatak sa iba sa pababa kasi lagi na lang silang nagre-remedial remedial ah hindi na tayo makakaakyat.

So we have we are entering an educational crisis which I think uh we need to uh address in the soon as possible time. So critical ang role dito ng ng Dep at saka ng Commission on Higher Education. Ayun lang.

Sige, sige po. Good morning po, sir. Um, itatanong ko lang po, ano po yung nag um nag-encourage po sa inyo para i-pursue yung bioinformatic?

Ewan ko, hindi ko alam. Parang ano din eh. Parang naggo-go with the flow lang ako non.

Nag-aral lang ako ng genetics tapos yung ginamit naming information ay sequence data. So para lalo pa naming mapalalim ang aming pagkakaunawa dito sa genetic information na 'to, kailangan kami mag-dwell pa sa biinformatics. So kahit na ako na bahagya lang ang pagkatanda sa inyo, hindi humihinto ang aking ah learning.

So lagi kaming may bagong natututunan. 10 20 years ago hindi ko masasabi na byinformatician ako pero ngayon gumagamit na ako ng biinformatics tools. So yun din sana ang maging mensahe ko sa inyo.

Kahit maggumraduate na kayo huwag kayong titigil sa ah to learn new things. Dapat learning should never stop. So habang kayo nabubuhay mayon kayong dapat na inaaral na bago.

Ayun lang po. Ay sige po. Ayan.

Hello po sir. Question ko lang po. Ah paano po ba magkakaapekto yung in breeding sa DNA?

Ano yung ano? In breeding po. In breeding.

Aim breeding. Opo. Saan?

Sa sa Well ah alam niyo naman yung in breeding 'di ba? Nakikita niyo sa ano ah kapag ka closely related ang individuals na nagpo-produce ng offspring ah ang tawag doun ay in breeding. nakita sa mga aso, sa mga baboy, sa mga manok, etc.

Ang ang problema sa in breeding ay genetically similar yung ah yung nagtatalik at mga magulang at nagpo-produce ng offspring. Therefore, mataas ang probability na yung defective genes nila ay pareho silang merroon at naamana nila yon sa kanilang mga anak. So maaaring carrier sila hindi nama-manifest pero kapagka nag sex sila at nag-produce ng offspring yung recessive aline ay magsasabay at pupunta doon sa offspring.

Alam niyo ba ang dahilan kung bakit may sex? Ano ba ang purpose ng sex sa biology? It's not about love.

It's not about lust. It's not about recreation. Para saan ang sex?

Ang sex ay para maka-produce ng offspring. Yun ang ultimate goal ng sex. At kayo ay nagse-sex para magkaroon ng variation.

Okay? Kasi hindi yung ang ginagawa niyo, gumagawa kayo ng halo-halo a better version of the parents. Okay?

In the hope that your offspring will be more fit in an environment and will have a greater chance of survival. Okay. Kaya kayo nagse-sex.

So kung kayo gusto niyong mag ah lumandi, sabihin na lang, "You want to produce variation? " Parang ganon. Don't quote me on that ha.

Baka habulin ako sa UV. Ayan. Ah yun lang ha.

So kapagka kayo ay nag se-sex with someone that is genetically similar, magkakaroon ng chance na in breathing. Hindi sila genetically distinct. Sige sige.

>> Hello. Hello sir. Good morning po.

Ah kasi po sa recent news parang nauuso yung kum yung ano po yung parang merong business and then kinukuha yung sa Iris yung DNA nila. Sa paanong paraan po nae-explait yung yung DNA t's nagamit sa krimen? Sorry.

Sorry. >> Yung ano po yung sa mga meron pong company overseas na nag-o-offer ng pera sa mga magbibigay sa kanila ng DNA sa Iris nila. 'Yung sa mata po kinukuha 'yung parang DNA.

Sa paanong paraan po yung nae-exploit yung ganung yung DNA nila? Paano anong ginagawa ng company niyo? Bakit sila parang ano po kinukuha po yung ano information through ng isang tao sa pupil po.

Okay. Ah genetic screening ang tawag doon. Ah sa Pilipinas meron meron na tayong newborn screening na lahat ng mga newborns required ng kunan ng sample dugo at ine-extract na ng DNA para ma-identify kung meron silang potential to develop certain diseases.

I think mga 20 plus diseases at habang tumatagal nag-e-expand iyan. Genetic screening ang tawag doon. Uh dito sa Iris kasi non-invasive 'yan pero kung gusto mong invasive kumukuha sila sa dugo.

Sa mga bata uh either the placenta or the blood. So e hindi niyo naabutan yun kasi bago lang ito. Pero lahat ng mga newborn sa Pilipinas kailangan kunan ng biological sample at screen kung meron ba silang ah probability na mag magkaroon ng ah Xlink ano dyston dystonia ah or pwede ba silang mag-develop ng hypertension o ganon?

Ah it's possible na. In fact, you can also pay a company or some companies to get your entire genome. Makukuha moung sequence ng buong genome mo for whatever purpose it may serve you.

But then again, may clause yon. Ah dapat 'yung company hindi nila isisiwalat sa 'yung genetic information nyo kasi there may come a time in the near future baka gamitin ang genetic information for screening. For example, ah pwede na namin kayong i-admit sa school na 'to kapag ka 'yung based on your genome ang IQ mo ay 120 or above.

O kaya ay kailangan namin yung pwede na ang gusto na naming kunin ay yung mga tao may ganitong jeans o kaya ay gusto namin yung baby namin magkaroon ng blue eyes. So these are ethical considerations that we will have to confront sooner rather than later as more genetic information comes uh and more importantly our personal genetic information. Pero definitely meron ng ini-store na genetic information from newborns at doon na bini-build up yung genetic data population genetic data ng Pilipinas.

Okay. Sige. Allr.

So I think that's it for the Q&A. Palakpakan po natin once again Dr Ian Cridge Fontan from the University of the Philippines.