La génétique des maladies auto-inflammatoires en pratique pour les cliniciens

[Musique] bonjour à toutes et tous bienvenue dans ce flash info de la filière fai2r donc j'ai le plaisir d'être aujourd'hui avec le docteur Laurence Cuisset qui est généticienne à l'hôpital Cochin spécialiste des maladies auto-inflammatoires et donc nous avons choisi de faire ce flash info parce qu'il y a une demande croissante d'analyses génétiques dans les maladies inflammatoires et on peut le l'objectiver pendant les RCP et Laurence a choisi de développer un panel LGS avec un petit nombre de gènes et on voulait qu'elle nous fasse part de son expérience de la rentabilité puisque c'est les questions qu'on

se pose presque à chaque RCP donc Laurence c'est ce que peut tu peux te présenter puis nous dire depuis combien d'années je crois que ça fait un petit nombre d'années que tu travailles sur les maladies auto-inflammatoires oui tout à fait bonjour Sophie bonjour à tous donc je suis dans ce cuisine donc je travaille dans le service de génétique de l'hôpital cochon et j'ai commencé à travailler sur les maladies auto-inflammatoires à partir de 1997 par une voie d'entrée qui était donc celle des fièvres récurrentes héréditaires puisque comme vous vous allez ces maladies constituent le cœur historique

des maladies auto-inflammatoires l'historique de la découverte de ces gènes c'est donc étalé entre 1997 et 2001 avec la découverte de deux formes de transmission automosomique récessive et de deux formes de transmission autosomique dominante le premier gène qui a été découvert en 1997 et donc le gène meufv responsable enfin dont les variants pathogènes sont responsables de chef méditerranéenne familiale pour l'acronyme puis il y a eu aussi donc la découverte du gène Caudan la mévalonade kinase dans le cadre d'un syndrome hyper igdé et qui ensuite a été regroupé avec une autre entité aux mime à l'époque qui

s'appelle donc l'acide urine et valonique et donc l'ensemble de ces deux entités constituent maintenant le déficit en évalonade kinase et l'on sait maintenant qu'il s'agit en réalité d'un continuum clinique pour les maladies de transmission autosomique dominante il y a d'abord le syndrome périodique associer au récepteur 1 du TNF dans l'acronyme et le syndrome traps et puis ensuite il y a eu la découverte donc comme avec une voix d'entrée qui était celle de patients atteint d'un syndrome de melkelwell la découverte des Cryo pyrinopathie avec comme gène responsable jeune analrp3 et c'est découverte ont permis également de

regrouper trois entités aux mimes qui étaient distinctes à l'époque à savoir l'urticaire familial au froid le syndrome de makeleways et le syndrome Nomad qui maintenant sont regroupés sous une entité unique appelée cryopyrinopathie et qui constitue à nouveau un continuum clinique je voulais également profiter de ce flash info pour reprendre un petit peu l'historique de ce que nous a appris la génétique de ces fièvres monogéniques dans le cadre des maladies auto-inflammatoires tout d'abord il faut savoir que l'on peut avoir des cas de pseudo dominance c'est-à-dire lorsque vous allez avoir vos patients en consultation et que vous

allez leur poser des questions sur la famille avoir le sentiment qu'il peut y avoir une transmission dominante alors qu'en réalité ce n'est pas le cas ce qui est illustré ici sur l'image montre que nous avons deux variants V1V2 chez la maman dont elle a hérité chacun dans de ses parents et que son enfant atteint en réalité n'en variant V3 transmis par son père et donc en fait que nous sommes ici dans la situation de trois variantes familiaux qui est une occurrence qui n'est pas fréquente mais pour lequel il ne faut pas perdre de vue qui

a par contre elle n'est pas rare dans le cas de la fève méditerranéenne familiale en raison d'un pourcentage élevé d'hétérosygote dans les populations à risque et donc il faut toujours éventuellement dans les populations à risque bien penser à la FMF lorsque l'on a cependant une impression de dominance dans la famille le deuxième élément que nous avons appris c'est aussi la possibilité d'en s'effet à monogéniques de trouver des pénétrans incomplètes c'est à dire des variantes que l'on va retrouver chez un enfant et chez un parent alors que le parent lui sera totalement asymptomatique donc c'est quelque

chose qui n'apparaîtra pas bien évidemment à votre première consultation mais peut-être lorsque l'on aura ensuite rendu l'analyse des parents c'est pénètre ancien complète sont évidemment rares en génétiques mais à nouveau c'est une occurrence qui n'est pas rare dans le syndrome traps la dernière chose que nous avons apprise à nouveau de la génétique de CMAI c'est la possibilité d'avoir des néon mutations d'un variant en mosaïque que l'on va donc retrouver entre 5 à 30% chez le camembert qui n'est donc pas porté par les parents ce sont des néomitations et ces néomitations vont le plus souvent parce

qu'elles sont en mosaïque à donner une clinique le plus souvent tardive avec une occurrence qui n'est absolument pas rare dans les cryobiopathie et c'est ici un point important dont nous reparlerons après notamment lorsque des patients arrivent en consultation avec un diagnostic probable de crier au périnopathie et une analyse de l'exon 3 du génie RP3 qui avait été fait par songer il peut être nécessaire de réanalyser ces variants par des techniques plus récentes dont nous parlons après qui a le seront capables de détecter une possible mosaïque en effet tous les derniers cas qu'on avait dans le

service qui ressemblait à des cris au pianopathie avec un sanglant négatif ensuite ont été testés et c'était des pianopathies parmiation somatiques tout à fait un petit point rapide sur la nomenclature et la classification des variantes donc comme vous le savez il y avait une ancienne nomenclature par exemple pour la SMF qui était M694V qui maintenant s'écrit mettent 694 Val de lecture assez simple dans le cas ici la raison pour laquelle nous indiquons sur les comptes rendus les positions cDNA ce n'est pas pour surcharger les comptes-rendus c'est juste parce que c'est une information qui peut être

utile lors de l'analyse des familles puisque vous voyez dans l'exemple présenté ici que sur la même position nucléotidique la modification d'un a vers un G ou vers un T va donner l'occurrence de deux variants au niveau protéique qui seront différents et c'est pour ça que nous avons besoin le mentionner pour les comptes rendus pour éventuellement les études familiales suivantes bien être sûr qu'on parle toujours du même variant concernant la nomenclature juste un petit point ici qui souligne que parfois c'est pas toujours facile de s'y retrouver puisque si on prend l'exemple de air 272w qui a

un Variant capse bien connu depuis très longtemps aujourd'hui il s'appelle art 260 trp puisque l'arginine s'écrivait r à l'époque et le tryptophane s'écrivait W donc faut absolument pas hésiter à nous contacter lorsque vous avez des questions sur ce genre de nomenclature et sachant que lorsque elles sont vraiment différentes nous les mentionnons toujours au compte-rendu entre ancienne nomenclature et nouvelle nomenclature un petit point sur la classification des variants juste pour expliquer que on ne parle plus maintenant de mutation ni de polymorphisme même si le terme de mutation est toujours utilisé bien évidemment on parle maintenant de

variant et que ces variantes sont classés en 5 catégories qui sont les cinq catégories du niveau international donc les variantes de classe 1 et classe 2 qui ne sont pas rendues ce sont des variants fréquents en population pour lesquelles on sait qu'ils ne sont pas responsables à des signes cliniques du patient les variantes de classe 4 et 5 qui sont rendus comme étant des variants pathogènes ou probablement pathogènes et eux qui sont des variantes certains et puis ces fameux variants de signification inconnues que l'on appelle vous sous juste qui sont rendus selon des cas en

fait on va avoir deux sortes de variantes classe 3 on va avoir le variant de classe 3 qu'on connaît depuis des années dont on ne sait pas quoi faire parce qu'en réalité certaines publications dit qu'il était causales dont d'autres ont dit qu'il ne l'était pas et donc en fait ce sont des variantes qui ne sont plus rendus parce que ce sont des variantes qui sont fréquents en population avec une fréquence en population qui est supérieure à la fréquence de la maladie et pour laquelle il est très difficile de savoir aujourd'hui s'ils sont vraiment impliqués dans

la pathologie et il reste encore en suspens le deuxième cas que l'on va avoir de variantes significats ce sont les variantes que l'on va trouver chez votre patient qu'on ne retrouvera pas dans les bases de population qu'on ne retrouvera pas dans les bases de données cliniques comme la base de données clinza et qu'on ne retrouvera pas non plus dans le registre des variants des maladies inflammatoires donc le site infever ces variantes peuvent être très bien pathogénique ou pas ou bien simplement restreint à votre famille ou bien restreint à votre patient ou bien restreint à une

sous-population donnée pour lequel nous n'avons pas de données en population pour ces variantes de signification inconnues mais totalement inconnue nous demandons l'analyse soit des deux parents soit de membres sains ou atteints de la famille dans le but d'essayer de les reclasser concernant les variants qui ne sont plus rendus et ça c'est une liste qui est émise par un consortium de lissède publiée en 2020 ainsi que par le même qn qui recommande ne plus rendre ces variantes de classe 3 puisque leur pathogénicité n'est vraiment absolument pas connu ou bien très controversé en tout cas et dans

la liste que vous avez ici le plus fréquent pour me laver donc e148 qui donc aujourd'hui n'est pas un Variant établi comme étant causal aussi bien à l'état hétérozygote qu'à l'état au mozzygote pour un nrp3 c'est essentiellement le variant v198m qui va être maintenant non rendu et on retrouve aujourd'hui des patients qui arrivent avec des v198 qui était rendu chez certains membres de leur famille à l'époque parce que ce variant initialement avait été déclaré comme étant pathogènes et aujourd'hui on a de bonnes raisons de penser qu'en réalité il ne l'est pas concernant le syndrome traps

nous avons ici deux variants qui ne sont plus rendus qui étaient rendus à l'époque sous la terminologie de p46l et r92q ou là vous constatez que en plus de la modification du code à une lettre en trois lettres ce qui complique un petit peu pour leur génie 121 Gln nous avons aussi eu une re numéro du gène qui fait que maintenant il est considéré comme étant plus long et que la position 46 est devenue 75 et la 92 est devenu 121 donc en général aussi nous pouvons tout cela sur les comptes rendus ce qui vous

permet de vous rattraper par rapport à des comptes rendus avec lequel le patient pourrait se présenter pour d'autres membres de la famille quelques années auparavant j'attire l'attention de décliniciens sur le variant e148 parce que c'est celui qui pour lequel on a le plus de questions donc n'hésitez pas à demander conseil au niveau des généticiens au niveau des cliniciens des centres de référence adulte ou pédiatrique parce que ça a une implication il y a parfois des patients qui qui sont étiquetés fiabinternes familiale avec un césarien un autre pathogénique donc ça quand on leur annonce qu'en fait

ils ont qu'une seule mutation voir pas ça bouleverse un petit peu leur conception qui s'appelle leur maladie donc il faut savoir comment l'annonçait et comment l'expliquer et bien merci donc on parlait des cliniciens donc nous les cliniciens quand on prescrit une analyse génétique on a une feuille on doit cocher ce qu'on demande est-ce qu'on demande un sangur donc pour un ou plusieurs exemples d'un gène ou est-ce qu'on demande un panel en séquençage nouvelle génération est-ce que tu pourrais expliquer pour nous les techniciens la différence entre les deux de la façon la plus simple possible je

vais essayer donc les différentes techniques de séquençage qui sont utilisés en diagnostic concerne d'abord le séquençage shangar qui est le séquençage historique donc en fait c'est un séquençage qui va consister à analyser successivement différents gènes en analyse isolée donc les jeunes sont analysés séparément et même plus exactement ils sont analysés exemple ce qui veut dire qu'en général dans un laboratoire de génétique pour une pathologie donnée il est quand même recommandé de faire moins de dizaines ensangers parce sinon au bout d'un moment ça fait vraiment beaucoup trop de travail et c'est pas intéressant lorsque l'on parle

d'analyse d'exon en réalité ça vous le savez nous analysons aussi ce que l'on appelle les régions flanquantes des exes c'est-à-dire les bases immédiatement proches de l'exemple de manière à s'assurer qu'il n'y a pas éventuellement des variants qui pourraient être responsables de mutation des pissage les variants qui vont pouvoir être détecter par la technique sanguin sont des substitutions nucléotidiques donc des CNV c'est-à-dire la modification d'un nucléotide en un autre ces techniques pourront voir aussi des petites délétions ou des petites insertions lorsqu'elles seront présentes à l'intérieur de l'exon par contre comme c'est une technique qui n'est pas

quantitative il n'est pas possible de voir des grandes délétions puisqu'en réalité si par exemple vous aviez la délétion totale de d'un gène lorsque nous allons faire la l'analyse longueur comme nous ne sommes pas quantitatifs nous ne serons pas capables de voir qu'en fait il manque la moitié de l'information de la même manière parce que cette technique n'est pas quantitative les mosaïques ne sont pas détectées certaines publications ont détecté des mosaïques il y a déjà très longtemps mais c'est extrêmement rare extrêmement difficile à voir l'autre maintenant technique de séquence âge qui développait dans les laboratoires et

donc ce que l'on appelle l'analyse par panel de Gênes donc c'est une analyse simultanée sur puce à ADN d'environ d'une gamme de 5 à 350 gemmes selon les centres qui permet comme le sang de garde de voir des substitutions nucléotidiques mais qui par contre est bien plus performante pour voir des délaissions ou des insertions puisqu'il s'agit d'une technique quantitative elle permet de fait en une seule analyse de détecter à la fois des SMB et à la fois des grandes délétions elle permet aussi parce que elle a là nous avons accès aux profondeurs de séquences la

possibilité de détecter des mosaïques avec un seuil que j'ai placé ici à 10% mais qui selon les appareils et les techniques d'analyse pour avarier dans les publications entre 5 et 20% vous avez aussi entendu parler donc du hall exo 56 et vous avez aussi entendu parler du hall génome 56 ça ce sont des techniques soit d'analyse d'exommentier soit d'analyse de génome entier qui sont moins appliquées aujourd'hui pour les analyses de maladies auto-inflammatoires et juste restreinte a vraiment des cas particuliers pour ce qui est du hall exemple 56 du Wall génome 55 et du panel de

Gênes ces trois techniques sont regroupées en fait sous l'acronyme de séquençage nouvelle génération et donc ces trois techniques sont des techniques de NGS concernant le Wall génome 56 je vous invite à vous rapprocher du flash info présent également sur le site Eiffel intitulé planes plan pardon France médecine génomique et qui est présenté par le professeur Alexandre Belot aujourd'hui en France concernant les analyses sanguins un certain nombre de laboratoires proposent l'exon 10 demev en sanguin en diagnostic de première intention dans les populations à risque parce que cet exemple contient la grande majorité de tous les variants

non ambiguës connus à ce jour dans ce gène le service de génétique de Montpellier propose également en sangueur de première intention l'analyse du gène ada2 mais dans des cas vraiment très particuliers concernant les panels de Gênes vous trouverez aussi sur le site fai2r la liste des laboratoires qui proposent des panels de gène que ce soit des groupes Anel ou bien des petits panels merci c'est très clair est-ce que tu coûtes tu pourrais nous dire quels sont les gènes qui figurent sur le panel de Cochin que tu as développé oui tout à fait nous avons donc

développé sur Cochin un petit panel de huitièmes c'est donc un panel que j'ai développé avec le docteur Audrey Briand et nous avons développé ce panel de hygiène pour répondre en fait à une demande diagnostic rapide d'analyse de ces gènes qui sont ceux qui contiennent aujourd'hui les variants les plus fréquents aux populations donc vous retrouvez en population de patients pardon vous retrouvez donc les quatre gènes historiques des fièvres récurrentes héréditaires sur cette image et nous avons également donc rajouté les gènes c'est aussi les déficits en Ada 2 elle les jeunes connants pour les deux inflammations nrp-1

à inlrc4 et le gène tnfan variant pathogènes sont responsables de déficit en avant et c'est donc un panel que nous avons développé sur Cochin depuis novembre 2020 d'accord donc on voit très bien ces gènes c'est ceux qui qu'on discute le plus souvent dans les RCP de la filière mais du coup combien coûte une analyse combien coûte un sanguin combien coûte un panel est-ce que tu peux expliquer parce qu'on se rend pas forcément compte quand on coche nous sur une feuille alors le coût du petit panel NGS donc de 8 gêne une cotation exprimée en BHN

qui correspond à 5570 et celui de l'exon 10 de meuv par Senger à 570 qui veut dire qu'en gros le petit panel coûte 10 fois plus cher que de faire une analyse par sanguin et combien combien coûte un segueur en euros en environ approximativement alors approximativement puisque le prix du BHN est susceptible de varier mais approximativement ça fait à peu près 140 euros pour une analyse exoniste mfv et 1500 euros pour une analyse NJS de petits panel très bien et combien est-ce que tu peux nous préciser la rentabilité de ton panel depuis que tu l'as

mis au point pour qu'on sache nous dans combien de chance on a enfin quelle est la chance qu'on a probabilité qu'on qu'un gène soit muté quand on le prescrit alors ce petit panel de première intention n'a pas une très très bonne rentabilité à ce jour puisque sur 300 analyses qui ont déjà été rendues nous avons eu des diagnostics confirmés seulement dans 8 pour huit patients ce qui correspond à un taux de positivité de 2,7% vous avez ici la liste des variants enfin des gènes pour lesquelles nous avons trouvé des variants il y avait donc quand

même trois FMF qui étaient mutés dans les indices qui auraient donc dû éventuellement passer directement en sanguin qui faisait partie de patients population à risque mais c'est vrai que quand on reçoit des demandes comme ça notamment chez des patients qui ont une trentaine d'années on imagine que le Seigneur a déjà été fait avant et ce qui n'était pas toujours le cas voilà de déficit en evelanet kinase une mosaïque de caps un cap c'est donc un déficit en avant dans une famille déjà connu qui a donc été une confirmation du coup Laurent si je comprends bien

pour les trois diagnostics de FMF finalement ils auraient pu être fait en sangueur voilà donc c'est un avis pour les cliniciens si le patient est méditerranéen demandait peut-être en première intention le sanguin et puis Laurence si elle voit qu'il est négatif pourra ensuite le mettre sur son panel et le la plan suivante de A20 quand tu dis famille déjà connu ça veut dire que il aurait pu aussi être confirmé sur un sanguin de l'exon incriminé oui tout à fait mais c'est juste qu'en fait on a su que la famille était déjà connue une fois qu'on

a rendu le diagnostic donc pour un prochain coup est-ce que tu te rappelles dans les MVK et le cap c'était des enfants c'était des adultes alors les MVK était deux enfants et le cap c'était un adulte d'accord et la mosaïque de caps aussi oui et concernant les autres variants donc les classes 3 par exemple tu en as eu alors nous avons eu 18 variants de classe 3 donc dans cette série de 300 analyses qui sont en attente de reclassement qui correspond à peu près à 6% des variantes nous savons qu'un certain nombre de ces variants

vont être déclassés vraisemblablement lorsqu'on leur fera l'habitude des apparentés et d'autres seront éventuellement confirmés ou laisser en classe 3 et donc en général lorsque c'est le cas nous demandons au cliniciens nous envoyer des apparentés et c'est vrai que c'est extrêmement important pour nous d'avoir les apparentés sain ou atteints pour pouvoir faire se reclassement et on a un petit peu de difficulté à les recruter du coup ce qu'on peut quand même voir sur cette diapositive c'est que il y a que 3% de positivité donc il est important de de réfléchir avant de le demander parce que

c'est pas toujours positif et une autre question qu'on se pose souvent c'est combien de temps il te faut où il vous faut pour analyser d'abord un sanguin et un panel NGS parce que jusqu'à présent nous avons constaté que le résultat que tu rendais était assez rapide à peine de moi parfois donc est-ce que tu peux nous dire combien de temps ça prend et puis plus de plus en plus tu as des demandes on probablement que ça peut s'allonger en tout à fait c'est en train de s'allonger malheureusement pour les alors faut savoir que pour faire

un séquençage sans guerre à partir du jour où on reçoit le prélèvement et la fin de l'étape technique il va s'écouler il peut s'écouler une semaine et après il y aura l'analyse qui est en général c'est assez rapide pour ce qui est des panels NGS on a un temps entre l'extraction de l'ADN et à la réalisation juste technique on nous avons un temps incompressible de deux semaines d'accord nous travaillons par série bien évidemment d'une part pour regrouper les patients pour des questions de coûts et aussi pour des questions d'accessibilité aux machines puisque nous sommes dans

un laboratoire de génétique qui fait d'autres diagnostics et donc en gros on arrive à faire une série par mois de l'un et de l'autre avec effectivement des délais de rendus pour le Shangha qui tourne aux alentours de 2 mois et pour le petit panel NGS qui tournait aux alentours de 2 à 3 mois et qui sont en train de tendre vers plutôt 3 à 4 mois de délai de rendu parce que les patients arrivent de plus en plus fréquents et que nous ne pouvons pas enchaîner plus plus de puces que ce qu'on fait actuellement et

puis ensuite parce que l'analyse par contre évidemment bio informatique et l'analyse des variants prend en général beaucoup plus de temps bien évidemment que celle du sanguin MV en direct d'accord alors donc presque à chaque RCP depuis quelques semaines et mois et d'ailleurs d'où l'idée de ce flash info on conseille aux clinicien de d'envoyer une analyse génétique sur ton panel essentiellement pour les recherches de caps et de H20 dans cette perspective on a vu que tu recevais de plus en plus de demandes et c'est le cas de tous les laboratoires de génétique qui travaillent sur les

mailles en France donc on a travaillé à développer une petite fiche mémo qui va être présenté juste là donc cette fiche mémo va vous permettre de vous décider est-ce que la probabilité que mon patient est une mutation dans un des huitièmes du panel est forte donc ce qu'il faut vraiment veiller c'est à ce qu'il y ait au moins trois fois des CRP élevés à trois crises ou poussées différentes donc dans on est dans des maladies auto-inflammatoires qui touchent les inflammazones et même dans la DA2 la CRP même s'il n'est pas très élevé elle est modérément

élevée là c'est la première condition donc on vous conseille vivement d'avoir trouvé trois CRPS avant de cocher sur votre case de demander un panel et de deuxièmement avoir une forte susceptibilité d'une des 8 maladies au vu des indices suivants donc on a vraiment essayé de mettre sur cette fiche les indices qui sont vraiment en faveur des maladies donc sur cette diapositive c'est petit l'objectif n'était pas de les détailler dans ce flash info du tout mais c'est de vous dire que cette fiche existe elle a été conçue par donc des experts adultes et pédiatres des du

centre de référence des maladies inflammatoire relu par Laurence et d'autres experts donc elle tient sur une page format A4 elle va circuler dans la filière et on vous conseille de bien la regarder notamment pour toutes les demandes de cryopyrinopathie mais en général vraiment le diagnostic la clinique est très utile dans les cryptomopathies et pour la demande la plus fréquente qui est l'appréhension de A20 on a noté vraiment les indices très importants à ce jour il y a pas encore de casse pour addict donc c'est vraiment une transmission dominante il faut aller chercher d'autres membres atteints

donc quand vous avez un patient qu'un pseudo B7 qui est totalement sporadique jusqu'à preuve du contraire ce n'est pas à vin et le début dans l'enfance est très important un début avant l'âge de 12 ans lactose elle est volontiers bipolaire elle ne peut être qu'une hypolaire il y a volonté un petit peu d'auto-immunité et la CRP est toujours élevée en crise ce qui n'est pas le cas dans la majeure partie des B7 donc voilà cette fiche qui qui nous semble importante donc l'idée c'est que les cliniciens puissent avant de cocher d'envoyer à Laurence regardez cette

fiche un peu comme une checklist pour voir s'il remplit toutes les conditions et bien sûr si le patient est en première intention demander l'exemple oui oui tout à fait tout à fait sur les patients méditerraniens c'est une priorité de commencer par les grands systèmes avaient absolument du coup il existe une feuille de prescription pour les analyses génétiques pour tous les laboratoires qui font ces analyses en France avec un consentement donc le les feuilles sont disponibles sur demande auprès de Laurence bien sûr mais pour pas l'inonder de mail alors qu'elle en a déjà beaucoup ils sont

disponibles également au sein de la filière et sur le site de la filière et à chaque RCP on les envoie au prescripteurs sur sa demande merci beaucoup Laurence pour ce flash info sur la génétique des maladies inflammatoire en pratique pour les cliniciens ici vous trouverez le mail de Laurence et d'Audrey Briand qui travaille donc laboratoire génétique de Cochin en cas de questions le mot de la fin serait peut-être que seulement 2,7% de positivité sur les panels MGS donc ne pas prescrire en largame Manu et puis utiliser au mieux la fiche mémo merci de votre attention

merci Laurence merci beaucoup [Musique]